z+-+Anexo+6+(Práctica+2.6)


 * Práctica 2.6**

Vamos a buscar los dominios que hay en nuestra cadena proteica. **Entramos en Pfam y vemos que hay dos dominios significantes y otro menos significante, como vemos en la imagen:**

Ahora entraremos en cada una para estudiar en qué procesos puede estar implicada y más información al respecto.

Con respecto al dominio SNF2 N: Lo encontramos en proteínas involucradas en una gran variedad de procesos como regulación transcripcional, reparación del ADN, , (SNF2, STH1, brahma, MOT1), procesos de recombinación del ADN (RAD54), reparación del material genético (ERCC6, RAD16, RAD5), y desenrrollado de la cromatina (ISWI). Además de gran variedad de otras proteínas con poca información funcional. También de tener ADN binding, también es ATP binding. En nuestra proteína parece que es el dominio concreto que se encarga de reparar el material genético, por tanto, puede ser la parte más importante de la proteína. Vemos en los demás campos la filogenia en distintos organismos, el Logo, y la interacción con otros dominios. Interacciona con Helicase C, concordando con su aparición en la misma proteína. También actúa con otro dominio igual (SNF2 N)

COMPARAR ALINEAMIENTO CON EL DE AYER: Vemos menos similitud de lo que esperamos. Ya que ayer nos salió un alineamiento casi perfecto y aquí vemos disparidades. Además, una especie tiene un dominio mucho más largo.

[]

Helicase C: Es un tipo de helicasa de tipo DEAD/ H. Es realmente un dominio C terminal para la función helicasa. No consiste en una unidad autónoma de plegado de por sí. Tiene actividad ATP-asa y enrrolla y desenrrolla cadenas de ARN (?). Es característica de organismos eucariotas, presentando pequeñas variaciones en la estructura según el organismo. COMPARAR:(?) SE REFIERE A MIRAR LOGOS Y VER SI ALGÚN AA ESTÁ ESPECIALMENTE CONSERVADO. Bastante bueno el alineamiento. Concorde.

[]

Spt5- NGN: Un complejo que regula la elongación de transcripción temprana por la ARN polimerasa II y tiene un papel en el procesamiento de los pre-mRNA por asociación a enzimas de nivelación de mRNA. COMPARAR: Ocurre como en el caso de Helicase C.

[]

INTERPRO: Vemos que aparecen los mismos dominios que nos salieron en Pfam (no aparece el que no era tan relevante).

[]

[]

eN prosite aparecen también los dos dominios importantes: [] Aquí nos dan más información sobre los dominios concretos (información general, proteínas donde aparecen...): [] []

También los encontramos en el campo features de Uniprot.