z+-+Anexo+5+(Práctica+2.5)


 * Práctica 2.5**

En esta práctica vamos a usar el programa ClustaIX para comparar las secuencias de proteínas de los ortólogos encontrados. El programa genera alineamientos múltiples en los que podremos ver si existen dominios más conservados y otras zonas en las que se aprecia un mayor cambio de residuos (quiere decir que serán menos importantes). Vamos a comprobar qué zonas son las más conservadas para luego intentar identificar por qué se han podido conservar y su posible función.

Después de hacer el alineamiento con clusta (se guarda en formato aln) lo abrimos con Bioedit, donde lo exportamos como texto en word. Ahí señalaremos regiones de especial similitud. Si hay * significa que hay el mismo aa, si hay. o : son del mismo grupo, y si no aparece nada es que no son asemejables.



Hemos retirado del alineamiento las especies Heliconius Numata, Ciona Intestinallis y Xenopus Tropicallis. Sorprende la clara homología con Polyspondillium Palladium y Dictiostellium Fasciculatum. >tr|F7G3Q8|F7G3Q8_ORNAN Uncharacterized protein (Fragment) OS=Ornithorhynchus anatinus GN=ERCC6 PE=4 SV=1 SSTFTRRLLMTTALHSVKLIHEIAGCQGILITSYSYIRLMQDNINNYDWHYVILDEGHKIRNPNAAVTLACKQQQFRTPHRIILSGSPMQNNLRELWSLFDFVFPGKLGTLPVFMEQFSVPITMGGYSNASPVQVKTAYKCACVLRDTINPYLLRRMKADVKMSLSLPDKNEQIFPGLMALRKMCNHPDLFSGGPKILKNVPDDELEEEDQFGYWKRSGKMIVVESLLKIWHKQGHRVLLFSQSRQMLHILEVFLRGQKYSYLKMDGTTTIASRQPLITRYNEDTSIFVFLLTTRVGGIGVNLTGANRVIIYDPDWNPSTDTQARERAWRIGQKRQVTVYRLLTAGTIEEKIYHRQIFKQFLTNRVLKDPKQRRFFKSNDLYELFTLSNPDGSQGTETSAIFAGTGSDVPAPKRHLKRKLQGPPAGSCQDRRPTDPESSDGTKEPVPSPARQSRAHSSAQETEVNSEAFRAGGPLIVGAPTNTNGLSGENSKQTDLASALEDRAPIPEHGEHSSPPRLGEAHGASSGGKAEEEQNLPRDGTASQVKPDAKSESERVENHFQKHKSKMKHHIEEGEEPLKSEGRAPRPKKSKHPKDAKFEGTRVPHLVKQKRYRKRVREDEKEEDAKKNDDYVLEKLFKKS>tr|H0ZD23|H0ZD23_TAEGU Uncharacterized protein (Fragment) OS=Taeniopygia guttata GN=ERCC6 PE=4 SV=1PRRGHPLLQINRQQIQSVSCSAHAAELKDLGVDVYDQDVLEQGVLQQVDNAINEATKAAKIANASKEYESVLEDLSCCLNILCILRTLHLEIFKSYVKSPGIFKLSKLRVNQFSVGNDCSKHNSRIVYIHIFYTEGVKGMLYVLIFVVEPGPSSLGSMLMPAQETEWAELIRTGQMTPFGTKIPQKPERKARQLRLNEASDFEKYLADQAKLSSERKKLSRHKGAKKKAQAKSVQCVAPAAATKEKSGKALSKTDKRLKKHLRELQKHALQIHSKARIPKEQKYLEAKKCRHEQEDDSGESEYVPDEELFDPEAAEEEEEQASSFAENDSDYELKSLSRKRKVSVKKAENDADFVPSSEEEEHTPGKHKVRRWRDDGDVDYYKQRLRLWQKERLKDKEHQTAEELSEESDVEFEEGFKVPGFLFKKLFKYQQTGVRWLWELHCQQAGGILGDEMGLGKTIQIIAFLAGLSYSNMRTRGSNYRQGLGPTVIVCPATVLHQWVKEFHTWWPPFRVAVLHETGSYTKSKVKLIHEIASCHGILITSYSYIRLMQDDIHTYDWHYVILDEGHKIRNPNAAVTLACKQFRTPHRIILSGSPMQNNLKELWSLFDFIFPGKLGTLPVFMEQFSVPITMGGYCNASPVQVKTAYKCACVLRDTINPYLLRRMKADVKMSLSLPDKNEQVLFCRLTEEQRQIYQNYINSKEVYQILNGDMQILLGLSTLRKICNHPDFVADSPRILKSVPDAEAEDPNQFGYWKRSGKMIVVESLLKIWHKQGHRVLFFTQSRQMMQILEVFVRYRNYSYLRMDGTTAVASRQPLVTKYNEDKSIFLFLLTTRVGGIGVNLVGADRVIIYDPDWNPSVDTQARERAWRIGQKKEVTVYRLLTAGTIEEKIYHRQIFKQFLTNRVLKDPKQNRFFKSNDLYELFTLNSPDVSQGTETSAIFAGTGSDVQVPKPPANGTSKCDVHVAESSSHKKKSSNSYSTTHMRDSSSKAIETSGETKGTLEAFDQNSYTEDNAQAAADTSSFSKSKEECLESDDKCMSQSVPHSAGSAANAEGLIAVGHGATNADVRTDLSLTCDAAGSWEKQDAKTEDGQFDNNHFKCISKTKHKVDMLSHESHRDKSKKKHHKDAKFEGKRIPHLVKQKQYRRENSEEQDSKKNDDYVLQKLFKKSGNRVHSVMKHDAIMDASSADHVLEEAEASRVAQDALRALRHSRQQCLGAASGVPTWTGTSGLSGAPSGIKSRFGQKRNSMLLSSHSTCA SPAKKHKDGDTIKKQNIRKCSSSEHFNGKSGESSSSALDSSSLLARMRARNHLVLPQQTNEGDENDQPAPAPVQGSTEYDELLVDLRNFLAFQARVDGEASTQELLQEFESKLPAEHSCVFRELLRNICTFHRSPNGEGVWRLKPEFR Aquí hay otro alineamiento. Como podemos ver, (subrayado en amarillo), la mayoría de la tiene una secuencia idéntica entre los ortólogos de cada organismo. El principio no se conserva especialmente, a continuación se conserva en general toda la estructura de la proteína. Teniendo en cuenta que se trata de una proteína de excisión y reparación de ADN, cuadra con que existan pocas diferencias.

Contrastando estos resultados con el BLAST, y con los DOT PLOTS, vemos que concuerdan todas las pruebas realizadas. Podemos decir que en general esta proteína se conserva prácticamente en su totalidad. >tr|F1SDX0|F1SDX0_PIG Uncharacterized protein OS=Sus scrofa GN=ERCC6 PE=4 SV=1MPNEGIPHSSRTQEQDCLQSQDVSESEEATIKQENGVGVELGESLLSSSADGPSCSAEGYPAEVPRRGPALLHIDRHQIQAVEPSAQALELQGLGVDVYDQDVLEQGVLRQVDSAIQEASRTAQLADAEKEYRSVLDDLTSCTTSLRQIDKIIEQLSPQAATNRDINRKLDSVKRQKYNK EQQLKKITAKRKRLQAILGGAEVQVEIDHASLEEEEDAEAGPSCLGSMLMPVQEAAWEELVRTGQMTPFGTQIPQKQEKKPRKLMLNEASGFEKYLADQAKLSFERKKQACNKRAARKALASVTSEPSSTRSENKPDKKGTVLLKKDKRLEKRIRKLQKKALQFQGQVGLPKGKRHLEYDMRPEAEGASEGEESEYLPSEEEPQEAAGADLSEDERRRVLSHRKRQKKVTVQDIDDDFFPSSGEEAEGTGGGGGGRKVARCRDDGDEDYYKQRLRRWNKLRLQDKEKCLKLEDDSEESDAEFDEGFKMPGFLFKKLFKYQQTGVRWLWELHCQQAGGILGDEMGLGKTIQIIAFLAGLSYSKIRTRGSNYRFEGLGPTIIVCPTTVMHQWVKEFHTWWPPFRVAILHETGSFTHKKEKLVRDIAHCHGILITSYSYIRLMQDDISRHDWHYVILDEGHKIRNPNAAITLACKQFRTPHRIILSGSPMQNNLRELWSLFDFIFPGKLGTLPVFMEQFSVPITMGGYSNASPVQVKTAYKCACVLRDTINPYLLRRMKSDVKMSLSLPDKNEQVLFCRLTDEQHKVYQNFIDSKEVYRILNGEMQIFSGLVALRKICNHPDLFSGGPKNFKGIPGEELEEDQFGYWKRSGKMIVVESLLKIWHKQGQRVLLFSQSRQMLDILEVFLRAQKYSYLKMDGTTTIASRQPLITRYNEDASIFVFLLTTRVGGLGVNLTGANRVIIYDPDWNPSTDTQARERAWRIGQKKQVTVYRLLTAGTIEEKIYHRQIFKQFLTNRVLKDPKQRRFFKSNDLYELFTLTSPDTSQSTETSAIFAGTGSDVQTPKRHLKRKLHPVLGTDQNVAMGKKLPDLNASANDATPSEEKSIAMGAEINAATSNQEDPLKDAPQTPRSLTSSDRLGGETDAESRLQESSGIRGNGECSDSTGVGKMCRTPGEDSIEEEEGLSDKRESCQVQTEPLWENGQTDTSFQKHKSKTKHRVTEEETLEKHLRPKQKPKNSKHRRDAKFEGTRIPHLVKKRQYQRQDNENESEVKERSNDDYVLEKLFKKSVGVHSVMKHDAIMDGASPDYMLVEAEANRVAQDALKALRLSRQRCLGAASGVPTWTGHRGLAGAPAGRKSRFGQKRNSNFAVQHPSSASPKEKSQDGILKKDGKDSVSEHFSGKVEDAELSSGALTSSSLLAKMRARNHLILPARLESESGHVPEASAPLPSSTEHDELLVEMRNFIAFQAQVDGQAGTREILQEFEPRLSASQSCVFRELLRNLCTFHRTSGGEGIWKLKPEYC>tr|B7ZTN5|B7ZTN5_XENTR Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 6 OS=Xenopus tropicalis GN=ercc6 PE=2 SV=1MAVRKANTLLQIDRHQIQAVQSEQQALELQGLGLAVYDQEVLEQGVLQQVDNAINEASRVSRLAEAEQELQQLADELRSCVTSLRQINKIIEQLTPQAATCKEIGRKLDSVKRQKHNKEQQLKKIKAKQKRLKAVLGGSQEEPDIEEDLQGYHEEGETTRELCQNFMRFISGSFAKIVFYHNITRGLRIKIVLEGPACKSLQYKG>tr|F4Q3Z2|F4Q3Z2_DICFS SNF2-related domain-containing protein OS=Dictyostelium fasciculatum (strain SH3) GN=ercc6 PE=4 SV=1MSNNNNNYNNKPVSHNNNNNNNDLNDFEFDFTDNNDNNVIDLTSTTSTTSTTSTTSNYNNNRTTRTNFNYINNNNNNNNKPNNNNQNFSGDALDNLTRLGVHSYSSSSVEKKVIKQIDRAITTNEIKKYNDQLDKIRTEIDSITSFLEACDDGAQDQSNNKNNIFASNKDLSLDEVAKSFQVLKQIKQKKINELLREEKVILGLKNKLVEEEKKKKVQKQYQPKKQIDLNTPSTFDQALFGNVKVKETEREKLVRLGKITPFAASSTPASSKQTKIIPIISNNENSNRNNGSSVAIRAGSSGRFSSGPEKVLKPGSTKKQQERHEKRQNWMKNANKGISKRQSNKEFYKDIHDLDDVLENEKKQKKQQTSTTSTTTTSTTTTTKTTKTTKKKKKTTKSIPSPPLESPPPTYALKRLRRETTITRPLIIDQDDEEEEEEMIEISSDEEENSDQDYIPSGEEEEEEEDFDNQDEIVQIDDEEDDKDDYDGKKRKRLNVEEIWKDDKNESTYLDRLYEWKCERVRLLRLKEQQLENRLKTIQP IESITSPSTLEENILDGEDEDSIVNMLSQDNNNNEKRDDNNDEEMDEKILDKEMEQEEEEIGEDYEIDENFKIPFELYKKLFEYQVTCVKWLWELHGQETGGIIGDEMGLGKTIQIIAFLASLHYSKKLAGPSIIVAPATLLSNWVKEIHTWWPPFRVVLFHSSGSSDKQEQAKLLKRVAEKGHIILTTYESVRINQDLLLKHHWEYIILDEGHKIRNPDADVTLAVKQFPSSHRIILSGSPIQNKLTELWSLFDFVFPGKLGTLPIFQAQFSVPISLGGYSNASSLQVQIAYKCAVALRDLISPYMIRRAKQDVLQSLPSKNEQVLLCPMTELQEKLVILFDPDWNPSTDTQARERVYRIGQKKNVTIYRLMTTGTIEEKIYHRQIYKQFLSNKILKDPRQRRFFQSRHFKDLLSYSKKKGSETGDIFHGTGSEILPEDFQDKKRRRGGNQQQQQEQVEQKEGDEETTKASGEDTDILKQLFQKDGGMSALKHDNIMNQSGPEMALIEEEASKIANKALEVLKKSRSRIEQTDRFASPTWTGRSGITGAPLSLTNQNNNNNNNNNSNNSTTTTTSSKPRFGNKSKLSSQLLPTIQDSSVAYNNMSNVTTTSTTSTTSTTNTSSSSSSSTKMQQQQLSSTNILSNLDTEDAEQASVLFGGLKATEIIEKIFSFLLHRGGSSSTQEIINNFSLTITADQAPLFRSLLKRVATFAKGEKVWTINGDLLN

A continuación, con el programa TreeView hacemos los árboles filogenéticos. >tr|D3B1M4|D3B1M4_POLPA SNF2-related domain-containing protein OS=Polysphondylium pallidum GN=ercc6 PE=4 SV=1 MSDEFVFDLDNNNEDNDNQSLDDETTTTTTTTTTTTTNNNNNASSNNNSLKEARKQIPTSLFIKKSKTNNGQTTLGFTHKLREEINLDIKDNNNNNNENNNNNNNNNNKSNKNNVTGQSFSGSTLDNLTKMGVSTLNSRQVETDVIEQMENQMKVAEIKDVNQKLNNVRNEIKSIQEFLERNTDHIKSTTFAPNTVDANDILNSLQVLKTLKEKRIEELYIEETKLLNLRKKIEAKQKKEKEAKKYKPAKQLDMNAPSSLDKVFGFGGAKKETEQERLIRLGKITPFANMSNKQTKSIPIFNDTTRQKNSKVAIDFGSSGRFSKSTKAQEDTSKRSSERSEKRKQWIKNANRQRSTKSTKFYDDLKNDLDMDEISFDITDDDDDKDDEDEQDEVEAGEGEEKEEEMVDVEGREEDEENNEDEKEKKITGKKRKGKRTTTVEVHEELWRDDTNESNYQARLYSWKKEKLKKQFLKAKKEMERLNGTSRLSKRTGASKSTGTTNDAETTSLDDMLDDDEVKEPNDVDIEDEDSLQQIISSQQSNNDDSEPPENEEIRAEFEKDLERLDKELEENEINDDEIEGEDFVIDGEFKVPFEIYHRLFEYQVTCVRWMWELHSQESGGIIGDEMGLGKTIQIISFLASLHYSKMLCGPALIIAPATLLSNWVKEIHKWWPPFRVILFHSSNNTKQTQKQLVETIATKGHILLTTYEGVRINQDILLKHHWEYVILDEGHKIRNPDADITLSVKQFPTCHRIILSGSPIQNKLTELWSLFDFIFPGKLGTLPIFMSQFSVPINLGGYANASSLQVQTAYKCAVALRDLISPYMLRRVKADVLQSLPSKNEQVLLCPLTPFQERLYMKFLSSNEAKDVMDGKKNLLYAIDILKKICNHPDILHKDDDDKDKPDDYGNVERSSKLKVVQEILPMWQQQGHKVLLFCQTRQMLDIVEEFIKNSNYQYRRMDGTTSIKVRQTLVEEFNNDPILFIFLLTTKVGGLGINLTGANRVILFDPDWNPSTDIQARERVYRIGQKKTVTIYRLMTTGTIEEKIYHRQIYKQFLSNKILKDPRQKRFFQSKHFKDLLSYVKVKKGSETGDIFTGTNSEILPEDFQENKRRRSNESTTGSKVTEIPFEQQQQEDEKTSEDSYILKHLFEKEGLKSALKHDSIMEQSAPEAVLLEEEANKIAKKAVELLKISRQKIEQTDRFSTPTWTGRSGTSGAPQALLNSNNNNNNDNDTPAQQPPKSNRFGNKSKAIFSQSTTSPTLQPIMPIVSDSASVSNTLKNVSTENKFQSSSADILSNLQQEDVDKASELFGGIKPKEIIEGIYDFLMSKGGSSATQDIIDHFKISITAEQAPLFRSLLKSVATFSKPLKLWCINKL Vemos que hay una especie que está más separada del resto. La consideraremos una especie externa. Este es el árbol filogenético que muestra las relaciones en la evolución entre los organismos que hemos encontrado:

Aquí estan los árboles obtenidos para el segundo alineamiento múltiple y las conclusiones:

>tr|F6YWL2|F6YWL2_CIOIN Uncharacterized protein OS=Ciona intestinalis GN=ercc6 PE=4 SV=1 MKHSVIMNSANPDYAIIETEADRIAKDAVKNLRLSRQEYQYPKSMRRFGRKEEKVREEQE EEEESSDDEQSPLFKRKTPFGKAPTSSKSLLQQINERHKGENVDDEQLDEGFKASADDKM