z+-+Anexo+7+(Práctica+2.7)

En esta práctica vamos a estudiar la estructura 3D de nuestra proteína. En la base de datos PDB no hay resultados registrados. Por lo que usamos Swiss Model para ver cómo predeciría la estructura para nuestra proteína.La mayoría de las estructuras son pequeños fragmentos de la zona central de la proteína, de mayor o menor tamaño. Un ejemplo de predicción es este: http://www.proteinmodelportal.org/?pid=modelDetail&pmpuid=1000007213729&range_from=1&range_to=1493&ac=Q03468&zid=async http://www.proteinmodelportal.org/?pid=modelDetail&pmpuid=1000007213722&range_from=1&range_to=1493&ac=Q03468&zid=async

Los datos de la proteína llevan sin modificarse desde 2008. Puede que esté desactualizada. A continuación le damos a SUBMIT para que nos manden al correo la predicción de la estructura con los datos actuales.

Descargamos un .pdb de uno de los fragmentos que se encontraban en la base de datos para visualizarlo con el programa RasMol.para ver la lista de átomos que componen la proteína podemos ver abrir el archivo con el WordPad. Ejemplo de la imagen de una región de la proteína:

Una de las estructuras que más aminoácidos recoge es la siguiente (desde 400 hasta 1000)

http://modbase.compbio.ucsf.edu/modbase-cgi/get_modbase_file.cgi/modbase_model_5189d3fd32c4e26358c79049381f7a50.pdb?queryfile=1337591580_7200&idtype=modelid&filetype=model&id=5189d3fd32c4e26358c79049381f7a50|human_2010 cuya imagen en RasMol es:

La predicción de la estructura que ofrece Swiss Model va desde el aa 498 hasta el 989, incluye los dos dominios importantes de la proteína, así que nos valdrá para abrir el RasMol y estudiar la estructura. [|http://swissmodel.expasy.org/workspace/index.php?userid=juanbardallo@hotmail.com&key=d2cd563d485263c42c9e997c0219bf77&func=workspace_modelling&prjid=P000002#modelqualityglobal] (la predicción no es todo lo buena que esperamos, ya que hay lugares con alta energía libre.

Ahora descargamos la estructura obtenida y la abrimos con Rasmol. Tomamos diferentes imágenes (con los motivos señalados) Aquí tenemos una imagen de la estructura propuesta para la región de la proteína: