z+-+Anexo+4+(Práctica+2.4)


 * Práctica 2.4**

En esta práctica vamos a hacer pBlast a partir de la secuencia de nuestro gen en humano, y así encontramos más ortólogos.

Como podemos ver hay muchos organismos con un ortólogo para el gen de nuestro trabajo.

>tr|F1RDN1|F1RDN1_DANRE Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 6 OS=Danio rerio GN=ercc6 PE=4 SV=1 MPVEGTEDQALSPLSSPVSALTPGAPEDNGLSIPGSSREEPAAACPETVGAQNSRKSQPLLQINRQEILSVDHSSQAAELQGLGVDVYDQDVLEQGVLQQVDRAIQEANQAAAKAEAQKEYESVLDDVRSCTSALKHINKILEQLTPHAASSKDISRKIESVKRQKENKEKQLKKIRAKQKRLQALLDGEDIQKLEAELLIEDDEEPGPSTLGSMLMPAQESEWEELIRTGHMTPFGSRIPQKQEKKEPRKVMLTENSGFDKYLADQALLADSRKRPIMKKKTTKKHSGETTPNKEKKNGSLSSKDKKLQKRMLKLQRTALRAHPKARPKVEKELPRVKKRKSDWEHASDSEGSEYVPSDELMDPEEPERDDDDELWVDDHEEYQLKPYKKKKEPKTRKPKKEDESDDYIPSSSEEEDSQ KGGKVKKCKDDGDIECYRQRIRKWKRQRLREKEAKREAGEEESDESDAEFDEGFKIPGFLWKKLFKYQQTGVRWMWELHCQQAGGILGDEMGLGKTIQIIAFLAGLSYSKLKTRGSNYRYAGLGPTVIVCPATVMHQWVKEFHTWWPPFRVAVLHDTGSFTSKKEKLIPEIVASHGILITSYSYIRIMQDYIQRYDWHYVILDEGHKIRNPNAGVTTACKQFRTPHRFILSGSPMQNNLKELWSLFDFVFPGKLGTLPVFMEQFSVPITMGGYANASPVQVQTAYKCACVLRDTINPYLLRRMKADVKANLSLPDKNEQVLFCRLTEDQRQVYQTFLDSKEVYQILNGDMQVFSGLIALRKICNHPDLFTGGPRLLRGIPHDQLTEEEHFGYWKRSGKMIVVESLLRLWHKQGHRVLLFTQSRQMLEILEVFVKENGFSYLKMDGTTTIASRQPLIAQFNQNKDIFVFILTTRVGGLGVNLTGANRVVIYDPDWNPSTDTQARERAWRIGQKQQVTVYRLLTAGTIEEKIYHRQIFKQFLTNRVLKDPKQRRFFKSNDIYELFTLSSPDGSQGTETSAIFAGTGSDVQVPKRHKTSSPSQGTTRPSLSHSTDSGNRNTTSVNGLPNNNTSESPNNKLESRSNANGLTSSTSKALSSMNSPQKHREKKKHCETPEKDTIPSDGHKRKHKKRKHSEDARFEGARISHLVKKRRYKKEEDEEKEDERKNEKRSDDYVLAKLFKKSGIHSVMKHDTIMEASNPDYVLVEAEANRVAKDALRALKVSRQRCRLPYSRGSTTATPAPVKKRFGQKKNSLLSQSSGTMTKSAEKCKDAEIVKKSVVKKPGSAAHFSGEGAEDESGSLSSSSLLARMRARNHLKKPQSQEDEEEESTQSVAVNAAPTEHDELLVDLRNFVAFQAQVDGQASTKEILEYFTPRLTSTQMPVFRELLNNICEFHRLPGKEGMWKLKADY>tr|E1BYA8|E1BYA8_CHICK Uncharacterized protein OS=Gallus gallus GN=ERCC6 PE=4 SV=1MPTENSHLPDSIQEQDPITTLSSICPHNAEQKGTEQENGICNSDLVNHFGVHNSDSKPSTSVAVPVEVPRRGQPLLHINRQQIQSVSHSAQAAELKGLGVDVYDQEVLEQGVIQQVDNAINEANRATKIADAEKEYQSVLDDLRSCTTSLKQIDKIIEQLSPQATNNKDINRKLDSVKRQKYNKEQQLKKIKAKQKRLQAVLGGTEILDKVNEIEFEDDEEPGPSSLGSMLMPIQETEWEELIRTGQMTPFGTKIPQKPERKTRRLMLNEASDFEKYLADQAKLSSERKKLALHKRVKKKAQAKNVQCVAPTSATKEKRGKALSKTDKRLKKHLKKLQKHALQVHSKAGIPKEKKNLETTKLKPGQKDDSGESDYVPDEHLEPEAVEEEEEQASSHAENDSDYELRNLSGKGKYLVKRDSKDAGNDTDYFPSSEEEEHTVGKRKVKRWRDDGDEDYYKQRLRKWQRERLKDKERSVAEELSDESDTEFEEGFKVPGFLFKKLFKYQQTGVRWLWELHCQQAGGILGDEMGLGKTIQIIAFLAGLSYSKIRTRGSNYRYQGLGPTVIVCPATVMHQWVKEFHTWWPPFRVAILHETGSYTNKKVKLIREIASCHGILITSYSYIRLMQDNIHSYDWHYVILDEGHKIRNPNAAVTLACKQFRTPHRIILSGSPMQNNLKELWSLFDFVFPGKLGTLPVFMEQFSVPITMGGYSNASPVQVKTAYKCACVLRDAINPYLLRRMKADVKMSLSLPDKNEQVLFCRLTDEQRQVYQNFIDSKEVYQILNGDMQVFSGLVALRKICNHPDLFSGGPKILKCVPDADLEEADQFGYWKRSGKMIVVESLLKIWHKQGHRVLFFTQSRQMLQILEVFLRDRNYSYLRMDGTTTIASRQPLITRYNEDKSIFIFLLTTRVGGIGVNLTGADRVIIYDPDWNPSTDTQARERAWRIGQKKQVTVYRLLTAGTIEEKIYHRQIFKQFLTNRVLKDPKQRRFFKSNDLYELFTLSSPDVSQGTETSAIFAGTGSDVQVPKHQLKRKLERPADDDTLKGGLHLKKSSSPKYSKSSSSHLTRHRANSSEAIETSEEAKGNLETFDQNSYAKDNAETATDINSVNKSKQESLERADISLSQSLPGGAGSSENAKVTEEEHEVANENAEGDFSLLCGAAGSQEKQVDKTEDGQLDNNHYKCTSKTKHRVDMLSHDSHKEKSKKKHHKDAKFEGERIPHLVKQKRYKKEDSEEKELDPKKNDDYVLEKLFKKTVGVHSVMKHDAIMEASSADYVLVEAEANRVAQDALRALKVSRQRCLGAASGVPTWTGVSGLSGAPSGVKFRSRFGQKRNPMLLSSHSTCVSPMKKCKDADTMKKENVKKNSSNGHFDGKSETGESSSSILDSSSLLAKMRARNHLILPQRTGNEGDDNLHQASAPAPGSTEYDELLVDVRNFIAFQARVDGEASTQEILQEFESKLPAAQSCVFRELLRNLCSFHRNPNGEGVWRLKPEF Que se corresponden a las siguientes especies:

Como vemos hay gran cantidad de especies con homólogos para el gen ERCC6. A partir de su Accession Number recogemos su secuencia de aminoácidos y la de su CDS. Guardamos 10 de ellas.

Aquí están:

[|ailuropodamelanoleucacds.txt] [|ailuropodamelanoleucaprot.txt] [|callitrixprot.txt] [|callitrixcds.txt] [|canislupuscds.txt] [|caviaporcelluscds.txt] [|caviaporcellusprot.txt] [|gallusgalluscds.txt] [|gallusgallusprot.txt] [|heterocephalluscds.txt] [|heterocephalus.txt] [|loxodontacds.txt] [|loxodontaprot.txt] [|macacamulatacds.txt] [|macacamulataprot.txt] [|musmusculoscds.txt] [|musmusculusprot.txt]

[|susstrofa.txt] Vemos que aparecen especies como ratones, caballos, elefantes o jabalís. Todos mamíferos y muy relacionados evolutivamente con el humano.

Si ponemos un filtro para hacer el BLAST con la opción BLOSSUM nos saldrán especies más alejadas. Ahora ponemos un BLOSSUM 45, mientras más pequeño sea el número más alejadas nos saldrán.