zz+-+Anexo+4

En esta práctica vamos a hacer pBlast a partir de la secuencia de nuestro gen en humano, y así encontramos más ortólogos. Como podemos ver hay muchos organismos con un ortólogo para el gen de nuestro trabajo.
 * Práctica 2.4**
 * [[image:bioinfo-btg12-grupo15/BLAST.JPG caption="BLAST.JPG"]] ||
 * BLAST.JPG ||

Que se corresponden a las siguientes especies:
 * [[image:bioinfo-btg12-grupo15/BLASTlista.JPG caption="BLASTlista.JPG"]] ||
 * BLASTlista.JPG ||

Como vemos hay gran cantidad de especies con homólogos para el gen ERCC6. A partir de su Accession Number recogemos su secuencia de aminoácidos y la de su CDS. Guardamos 10 de ellas. Aquí están: [|ailuropodamelanoleucacds.txt] [|ailuropodamelanoleucaprot.txt]  [|callitrixprot.txt]  [|callitrixcds.txt]  [|canislupuscds.txt]  [|caviaporcelluscds.txt]  [|caviaporcellusprot.txt]  [|gallusgalluscds.txt]  [|gallusgallusprot.txt]  [|heterocephalluscds.txt]  [|heterocephalus.txt]  [|loxodontacds.txt]  [|loxodontaprot.txt]  [|macacamulatacds.txt]  [|macacamulataprot.txt]  [|musmusculoscds.txt]  [|musmusculusprot.txt] [|susstrofa.txt] Vemos que aparecen especies como ratones, caballos, elefantes o jabalís. Todos mamíferos y muy relacionados evolutivamente con el humano. Si ponemos un filtro para hacer el BLAST con la opción BLOSSUM nos saldrán especies más alejadas. Ahora ponemos un BLOSSUM 45, mientras más pequeño sea el número más alejadas nos saldrán.
 * [[image:bioinfo-btg12-grupo15/BLASTl45.JPG caption="BLASTl45.JPG"]] ||
 * BLASTl45.JPG ||


 * [[image:bioinfo-btg12-grupo15/BLASTl45lista.JPG caption="BLASTl45lista.JPG"]] ||
 * BLASTl45lista.JPG ||

Con el pBlast obtenemos posibles ortólogos de especies con distinta relación filogenética con el hombre. Los primeros resultados son de especies muy relacionadas evolutivamente, si hacemos el Blast con un filtro Blosom45 y nos fijamos en las últimas entradas, vemos otras especies que también tienen un ortólogo para ERCC6 de humano. Vemos que tenemos un e-value de 0 para todos y que los query coverage y max identity oscilan el 50% Aquí estan las secuencias: